Karthago 2000 arbeitet grundsätzlich mit einer doppelten, testierten Buchhaltung. Objektweise kann entschieden werden, ob die Buchhaltung als Ist-Versteuerung (E/A-Rechnung) oder als Soll-Versteuerung (Bilanz) geführt wird. Der Kontenplan ist frei definierbar. Als Musterkontenplan werden der DATEV SKR 03/04- und der Kontenplan der Grundstücks- und Wohnungswirtschaft mitgeliefert.

Den Konten können feste Steuersätze zugeordnet werden. Dabei können in gemischt genutzten Objekten Vorsteuerschlüssel für voll- und teilabzugsfähige Vorsteuer mit dem Prozentsatz der Anrechnung erfasst werden. Dadurch kann auch eine Umsatzsteuervoranmeldung direkt erstellt und per ELSTER versendet werden.

Zur Erstellung einer E/A-Rechnung wird unterschieden, ob es sich um Erlös- oder Kostenkonten handelt. Alle Buchungen, die auf Geldkonten gebucht worden sind, werden hier automatisch berücksichtigt.

Den Konten lassen sich zusätzlich Kostenstellen zuweisen, so dass auch eine Kostenstellenauswertung möglich ist.